A colecção de antropologia é formada por diversos acervos. O principal refere-se a uma colecção de cerca de 1 700 esqueletos humanos identificados, provenientes dos cemitérios da cidade de Lisboa. Encontra-se entre as mais extensas e bem documentadas do mundo.
O departamento conserva ainda uma colecção única de esqueletos de origem africana (Colecção Silva-Telles), depositada pela Sociedade de Geografia e material osteológico de contexto arqueológico, proveniente do Convento do Carmo (Lisboa) e da Quinta da Noiva (Lisboa).
Inclui-se ainda remanescentes de diversas colecções, sobreviventes do incêndio de 1978, entre as quais se encontram vários crânios da colecção de esqueletos humanos identificados de Ferraz de Macedo, vários crânios de primatas não humanos, e material osteológico proveniente de escavações arqueológicas realizadas em Leceia (Oeiras) e Muge (Salvaterra de Magos).
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